• Hazte amigo del manual de PHP.
• Activa el reporte de errores.
• Prueba un IDE, integrated development environment, un entorno integrado de desarrollo.
• Prueba un Framework, como pueden ser CakePHP o CodeIgniter
• Aplica el DRY, don’t repeat yourself, no te repitas, refiriendose a evitar el código redundante.
• Identa el código y usa espacios, para ganar en visibilidad del código.
• Escala tus aplicaciones, separando las distintas partes del código.
• Usa siempre <?php en lugar de <? para garantizar la compatibilidad de tus aplicaciones.
• Usa nombres de variables que tengan significado.
• Comenta el codigo para ganar en comprensión.
• Instala WAMP, isntalación conjunta de PHP y MySQL.
• Pon límites a tus script, con el set_time_limit
• Usa POO, programación orientada a objetos.
• Conoce la diferencia entre comillas simples y dobles.
• No pongan phpinfo() en el webroot, por razones de seguridad.
• Nunca te fíes de los usuarios, protégete de los ataques XSS.
• Guarda las contraseñas cifradas.
• Usa herramientas visuales de diseño de bases de datos, como DBDesigner o MySQL Workbench.
• Usa el output buffering.
• Protege tus scripts de ataques por inyección de código SQL.
• Prueba ORM, mapeo objeto-relacional.
• Usa un sistema de cache, como Memcached.
• Valida los datos provenientes de cookie.
• Usa un sistema de plantillas, como Smarty.
• Usa un sistema de debugging, como XDebug.
• Manten las llamadas a funciones fuera de iteraciones, por rendimiento.
• No copies variables extra.
• Actualizate a la última version de PHP.
• Reduce el número de consultas a base de datos.

Personalmente, a los que empiezan les recomendaría sobretodo coger buenos hábitos de programación: que el código sea limpio, no redundante, modulado, usando POO y demás. Más adelante, muy importante tener siempre en la cabeza el rendimiento de nuestras aplicaciones, no realizar consultas a base de datos innecesarias y optimizar todo lo optimizable. Finalmente, no olvidarse del tema de la seguridad.

Fuente: 30 PHP best practices for beginners

Guia de referencia HTML y XHTML: disponen para descargar en PDF o consultar en HTML 17 de este tipo de guías, que abarcan practicamente todo el HTML y XHTML, muy util para la maquetación.

Guía referencia HTML y XHTML

Guia de referencia mod_rewrite: En formato PDF o imagen PNG, de gran ayuda cuando nos toca trabajar en la creación de URLs semánticas.

Guía referencia mod_rewrite

Guía de referencia htaccess: página con lo más relevante entorno al htaccess.

Guía referencia htaccess

Guía de referencia Wordpress: en PDF, interesante cuando toca meter mano al blog de Wordpress.

Guía referencia Wordpress

Fuente: Artículo de Ann Smarty en Search Engine Journal.